1樓：匿名使用者
你要看是什麼rna～普通轉錄組mrna技術還是很成熟的～基本沒什麼問題～其他特殊一些的比如microrna circlerna lncrna等可靠性會低一些～
rna是測序深度為什麼
2樓：砂粒
rna測序
bai深度,當reads（50bp，single end ）數目du從2.5m增加zhi到10m時，roc曲線質量增加的dao很明顯，reads數目從10m增加到30m時，roc沒有顯著的提高回。答當reads的數目從2.
5m增加到10m時，發現差異基因的能力（ 類似於敏感度 ）和數目都有顯著的提高，而reads的數目大於10m時，就顯得疲軟了。
logfc（ fold change 取對數）的變異係數（ cv ），這個變異係數越小，說明fold change的值在不同重複間的重複性更好，結果更優。同樣看到reads數目從2.5m增加到10m時候，變異係數減小的明顯，而reads數目大於10m後，曲線的趨勢趨於平緩。
rna測序與整個基因組測序相比有什麼優勢?
3樓：匿名使用者
rna測序也就是所謂的rna-seq，通常指的是轉錄組測序，只測細胞中的轉錄本。只有基因組中被轉錄出來的那部分能測到。通常用於尋找差異表達基因以及發現新基因。
而基因組測序是整個基因組都測，不管轉錄不轉錄，通常用於基因組組裝，重測序進行基因分型等。
這是根本不同的兩個東西，乙個是測轉錄組，乙個是測基因組，它們的不同就是轉錄組和基因組的不同。至於優勢，根據自己的目的來判斷吧。
歡迎追問。
rna測序與整個基因組測序相比有什麼優勢
4樓：加菲熊貓
朋友你好！
雖然rna種類多樣，但我們拿來測序的一般是信使rna即mrna。眾所周知mrna是核內基因表達時通過轉錄修飾後的產物，其直接通過招募核醣體結合trna進行翻譯表達。因此相比於dna，mrna上既沒有複雜龐大的非表達dna部分（這類dna元件不會轉錄出mrna）,也不含內含子等表達基因的冗餘部分，可以說mrna是最接近所表達的蛋白產物的模板了。
因此rna測序直觀，簡潔，高效的反映了某一時刻生物體蛋白質的表達水平，具有簡潔性和時效性。
希望幫到你，歡迎追問~
5樓：手機使用者
網頁鏈結
rna-seq助力遺傳疾病診斷
6樓：菅勃紀曼安
rna測序也就是所謂的rna-seq，通常指的是轉錄組測序，只測細胞中的轉錄本。只有基因組中被轉錄出來的那部分能測到。通常用於尋找差異表達基因以及發現新基因。
而基因組測序是整個基因組都測，不管轉錄不轉錄，通常用於基因組組裝，重測序進行基因分型等。
這是根本不同的兩個東西，乙個是測轉錄組，乙個是測基因組，它們的不同就是轉錄組和基因組的不同。至於優勢，根據自己的目的來判斷吧。
歡迎追問。
rna的測序原理及方法！^~^
7樓：匿名使用者
next generation sequencing就直接測rna，傳統的還是先轉cdna，原因麼應該是rna比較脆弱啦。。。cdna比較穩定。不過弊端還是很多的比方乙個很突出的就是3』端bias。。
所以現在有了next generation 的rna seq。原理是一樣的不過就是直接測rna了。
third generation裡邊就開始測single molecule了，像前兩天ibm說的那樣哈哈。。。。。
8樓：冷血殘心
dna和rna的測序方法
dna或rna鹼基序列測定方法，包括步驟：
1）將dna或rna單鏈固定於平面支援物上；
2）將一束雷射聚焦於一條固定化的單鏈上；
3）通過加入含有（i）用於合成dna互補鏈的腺嘌呤、胞嘧啶、鳥嘌呤、胸腺嘧啶四種核苷酸的混合物或用於合成rna互補鏈的腺嘌呤、胞嘧啶、鳥嘌呤、尿嘧啶四種核苷酸的混合物和（ii）一種聚合酶的溶液，用來產生上述被固定的、被聚焦的單鏈的dna或rna互補鏈，插入到互補鏈中的每乙個被發光標記物標記了的核苷酸用單分子檢測器進行檢測，以及在下乙個被發光標記物標記的核苷酸插入之前對前乙個被發光標記物標記的核苷酸的發光訊號進行檢測。
9樓：無語翹楚
細胞中的rna可以分為信使rna、轉運rna和核醣體rna三大類，不同組織總rna提取的實質就是將細胞裂解，釋放出rna，並通過不同方式去除蛋白，dna等雜質，最終獲得高純度rna產物的過程。
rna 提取流程
1. 樣品處理
從各種不同**樣品（如細菌、酵母、血液、動物組織、植物組織和培養細胞）,或同一**樣品的不同組織（如植物幼嫩葉片、成熟根、莖等）中提取高質量的rna，因細胞結構及所含的成分不同，樣品預處理的方式也各有差異。
樣品的要求：
最好使用新鮮的樣品或取樣後立即在低溫（-20℃或-70℃）冷凍儲存的樣品，避免反覆凍融，因為這會導致提取的rna降解和提取量下降。
樣品預處理方式：
植物材料-液氮研磨
動物材料-勻漿、液氮研磨
細菌-溶菌酶破壁
酵母-液氮研磨、玻璃珠處理、混合酶破壁
2. 細胞裂解
異硫氰酸胍/苯酚法（trizol）
這是一種傳統的rna提取方法，適用於大部分動植物材料，但對於次生代謝產物較多的植物材料提取rna效果較差。異硫氰酸胍能使核蛋白複合體解離，並將rna釋放到溶液中，採用酸性酚-氯仿混合液抽提，低ph值的酚將使rna進入水相，而蛋白質和dna仍留在有機相，從而可以完成rna的提取工作。
該法應用非常廣泛，適用於包括動物組織、微生物、培養細胞等在內的各類動物性材料，同時還適用於次生代謝物較少的植物性材料，如幼苗、幼葉等。該法主要應用在動物組織和培養細胞的rna提取中。
胍鹽/ β- 巰基乙醇法：
適用於各種不同動物材料和次生代謝物少的植物材料。
在這種方法中，胍鹽使細胞充**解，β-巰基乙醇作為蛋白的變性劑在實驗全程中可以抑制rnasea的活性，保護rna不被降解。
我公司的「green 」系列總rna 提取試劑盒是基於這種方法開發的產品，分別適用於各類不同的材料。此系列產品的具體實驗步驟和適用範圍在實驗技術手冊中有詳細介紹，實驗者可根據自己的需要進行選擇。
其它方法：
有些植物材料多醣多酚含量較高，如植物果實，番茄的葉子等，有些植物木質化程度較高，如根莖等組織。針對這類材料本公司推出了一種全新的植物總rna提取試劑，該試劑特別適合於從富含多醣、多酚、澱粉的材料中提取純度高、完整性好的總rna，有關的具體步驟將在分論中詳細介紹，實驗者可根據自己的需要進行選擇。
3. rna 純化及獲得
純化要求
rna樣品中不應存在對酶（如逆轉錄酶）有抑制作用的有機溶劑和過高濃度的金屬離子。避免其它生物大分子如蛋白質、多醣和脂類分子的汙染。排除dna分子的汙染。
純化方法及沉澱
方法一：有機溶劑抽提法
氯仿抽提
在使用rna提取試劑進行rna提取時，常使用氯仿進行抽提，以去除蔗糖、蛋白等雜質，並促進水相與有機相的分離，從而達到純化rna的方法。在本公司的提取rna的產品中，與trizol同型試劑法及其衍生試劑盒。
沉澱氯仿抽提rna後，一般採用了異丙醇或乙醇來沉澱水相rna。加入0.6倍水相體積的異丙醇或與水相等體積的異丙醇，室溫沉澱20-30分鐘，高速離心，可獲得rna沉澱。
洗滌沉澱
加入無rnase的75%乙醇，將rna沉澱振盪懸浮，使rna沉澱中的鹽離子被充分溶解。然後再離心10-30分鐘。再次沉澱rna。
離心後，小心倒掉上清（注意不要倒出rna沉澱），隨後快速離心1-2秒，將殘留在管壁上的乙醇手機到管底後，用小槍頭吸淨，超靜臺中風乾1-2分鐘（注意不要晾得太乾，否則rna沉澱不易溶解）。
溶解沉澱
加入適量rnase-free ddh2o溶解rna沉澱。
方法二：矽基質吸附法
隨著實驗方法的改進，現已發展出一種採用吸附材料純化核酸的方法。目前較常見的有：矽基質吸附材料、陰離子交換樹脂和磁珠等。
矽基質吸附材料因其具有可特異吸附核酸，使用方便、快捷、不使用有毒溶劑如苯酚、氯仿等優點，成為核酸純化的首選。
本公司生產的總rna提取試劑盒（zp403-zp407）和greenspin系列總rna提取試劑盒即採用矽基質吸附達到rna分離純化目的，通過專一結合rna的離心吸附柱和獨特的緩衝液系統，使樣品在高鹽條件下與矽膠膜特異結合，而蛋白、有機溶劑等雜質不能結合到膜上而被洗脫，鹽類則被含有乙醇的漂洗液洗滌，最後用rnase-free ddh2o將rna從矽膠膜上洗脫下來。
rna-seq測序，每個樣品2萬元，劃不划算
10樓：匿名使用者
其實測序價bai錢是一方面，du關鍵還是要看測序質量和zhi後期的資料dao分析。華大的現在2g可能
內要27000左右容，4g要42000左右，生物美和這個也差不多的。
目前來說做rna-seq denovo專案的話，要看你研究的物種基因組大小大概有多大，從而看需要的測序量的需求。**要看測序量，分析內容而定，不過一般的denovo在2w以內了~
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