1樓:匿名使用者
根據你描述,體系可能性不大。所以給如下建議:
1. 檢查引物,確保正反向設計沒有問題,而且最後都是從5到3順序書寫並送交合成(這種錯誤很低階,但有人犯過,所以提醒,如果自己不很保證就讓別人把把關)。
2. 再次要求生工合成引物(合錯可能性有,不大),或者重新換位置設計引物
2. 由於是真菌,你用基因組還是cdna做模板?倘若後者要考慮你cdna質量是否夠好。前者,那麼可能內含子太多你pcr延伸時間不夠?
3. 嘗試溫度梯度pcr
4. 嘗試熱啟動pcr(特殊熱啟動酶,或者待遇變形快要結束時再加入taq)
5. 可以考慮用不含有mg的buffer,然後可以做mg梯度pcr
2樓:飛雪之靈
感覺你的上下游引物cg含量都很高啊。
你從55度到65度做乙個溫度梯度試試。
模板稀釋到在瓊脂糖上看不出來的濃度。
也可以去這裡問問。
3樓:
用touch down pcr試試, 還有你確定你的模板沒有問題麼? 可以嘗試增加模板量,延長變性時間。
4樓:
我覺得可能出問題的地方有:
1.我一般用50微公升體系,dntp要用4微公升,你的dntp用量太少了2.引物量太多,你的體系加0.3微公升引物就足夠了,你加多了會形成引物二聚體
3.退火溫度要比tm值低一些
4.檢查你的taq酶是否還有活性
5.最後模板也檢查一下,別太著急了,每個因素都要考慮到哈
在做rt-pcr時,或者是一般的pcr時,退火溫度怎麼設定,退火溫度和tm值之間有怎麼樣的關係?謝謝
5樓:阿魯巴星人
不同的pcr mix所設定的退火溫度是不一樣的,有的比最低tm值低5℃,有的低迴3℃,請你參考你所買的pcr mix的說明
答書,上面肯定有詳細說明。
一般pcr比最低tm值低1-5℃,都沒什麼問題。
rt-pcr的文獻上,有推薦的設計軟體,也有推薦的pcr mix,跟著說明書做就沒有問題了。
6樓:匿名使用者
退火溫度和tm值有關,一般的說是在tm值下5度,我用的話一般在tm值下2-3度
7樓:櫻花淡淡
一般情況下退火溫度要比tm值低5℃
如何確定pcr反應中的退火溫度和延長時間
8樓:禾鳥
1、退火溫度低於引物tm值5 ℃左右,一般在45~55℃。
退火溫度需要從多方面去決定,一般根據引物的tm值(tm值=4(g+c) +2(a+t))為參考,根據擴增的長度適當下調作為退火溫度。然後在此次實驗基礎上做出預估。退火溫度對pcr的特異性有較大影響。
引物延伸一般在72℃進行(taq酶最適溫度)。但在擴增長度較短且退火溫度較高時,本步驟可省略延伸時間隨擴增片段長短而定,一般推薦在1000bp以上,含pfu及其衍生物的衍生設定為1min/kbp。
擴充套件資料
pcr的過程:
1、dna變性:(90℃-96℃):雙鏈dna模板在熱作用下,氫鍵斷裂,形成單鏈dna
2、退火:(60℃-65℃):系統溫度降低,引物與dna模板結合,形成區域性雙鏈。
3、延伸:(70℃-75℃):在taq酶(在72℃左右,活性最佳)的作用下,以dntp為原料,從引物的3′端開始以從5′→3′端的方向延伸,合成與模板互補的dna鏈。
9樓:匿名使用者
退火溫度一般是比你設計引物時的tm值低5度。不過這是要摸索的,用溫度梯度pcr。(順便說一下,如果你不想花時間摸索溫度,建議就用60度。
這個溫度是我原來做實驗時的萬能溫度。尤其對較短片段pcr適用)
延長時間是看pcr產物長度,一般認為常規taq酶一分鐘擴增1kb。比如你的pcr產物是500bp,你就用30秒。不過我一般會在這個基礎上再加5秒左右。
pcr反應退火溫度的高低與什麼因素有關
10樓:我的行雲筆記
退火溫度是影響pcr反應特異性的重要因素。
引物與模板復性所需要的退火溫度取決於引物的長度、鹼基組成及其濃度。引物長度越短,引物中g+c的含量越低,所需的退火溫度越低。雖然降低退火溫度可能增加擴增產量,但引物與模板間的錯配現象也會增多,導致非特異性擴增上公升。
相反,提高退火溫度雖然可以提高反應的特異性,但會引起擴增效率下降,甚至無擴增產物出現。引物的退火溫度可以通過tm=4(g+c)+2(a+t)公式組略估算,一般在算出的tm值上減去5攝氏度極為較合適反應設計退火溫度。
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